Le Groupe Chiroptères Aquitaine a rédigé en 2014, dans le cadre des atlas des Mammifères sauvages d’Aquitaine coordonnés depuis 2011 par Cistude Nature et la Ligue pour la Protection des Oiseaux Aquitaine, le Tome 4 sur les Chiroptères. Cet atlas constitue un état des lieux le plus complet des différentes espèces de Chauves-souris dans la région.
La région Aquitaine abrite, à l’heure actuelle, 26 espèces de chauves-souris sur les 36 espèces qui composent le peuplement européen.
L’ important travail de compilation de données a permis d’éditer les cartes de répartition des différentes espèces présentes dans la région :
Petit Rhinolophe 
Minioptère de Schreibers 
Grand Rhinolophe
- La Barbastelle d’Europe
- Le Minioptère de Schreibers
- Le Molosse de Cestoni
- Murin d’Alcathoe, Grand Murin, Petit Murin, Murin de Daubenton, Murin de Natterer, Murin de Bechstein, Murin à moustaches, Murin à oreilles échancrées
- La Noctule commune, la Noctule de Leisler, la Grande Noctule
- L’Oreillard gris, l’Oreillard roux
- La Pipistrelle commune, la Pipistrelle de Kuhl, la Pipistrelle de Nathusius, la Pipistrelle pygmée
- La Sérotine commune
- La Sérotine bicolore
- Le Vespère de Savi
- Le Grand Rhinolophe, le Petit Rhinolophe, le Rhinolophe Euryale
L’atlas complet des Chiroptères d’Aquitaine est disponible ici :
En complément, voici la liste des mammifères terrestres d’aquitaine (arrêtée au 30 septembre 2012) version 1.0. Ruys, T. (c/o Cistude Nature), Couzi, L. (c/o LPO Aquitaine), Bernard, Y. (c/o GCA). (2012)